Несмотря на отличную работу Readwise’а, принизить трушность и удобство Zotero нельзя(и плохо 
). Поэтому давайте разбираться как его настроить в связке с Obsidian.
- Но перед этим скажу какой конечный результат будет от проделанных манипуляций
- Любые аннотации будут выгружаться в Obsidian в удобном и заданном для вас формате(используя шаблон).
- Аннотации, независимо где вы их делали, в телефоне или на ПК, будут синхронизироваться и в дальнейшем экспортироваться в Obsidian.
- Работающие ссылки на места выделения в Zotero. Как на телефоне так и на ПК)
- Из Zotero для iOS получиться неплохая такая читалка.
1. Подготовка Zotero
Первым делом нам надо установить плагин Better BibTeX для Zotero.
Переходим в данный репозиторий GitHub и скачиваем первый файл с расширением .xpi
После открываем Zotero и слева наверху жмём на Tools, а затем на Add-ons. Откроется окно Extensions куда вы должды перетащить файл, скачанный по ссылке выше. Перезапускаете и готово. И никаких Mdnotes не понадобится.
2. Подготовка Obsidian
В Obsidian скачиваем плагин Zotero Integration и заходим в его опции.
Далее, на фото укажу нумерацию для вашего удобства.
-
Скачиваем PDF Utility, нажимая на данную нам кнопку.
-
В разделе Note Import Location указываем место куда будут экспортироваться аннотации. Указываем ваше хранилище в Obsidian и нужную вам папку.
-
Включаем Enable Annotation Concatenation, что позволит вам обновлять заметку с аннотациями если вы, к примеру, сделали еще пару выделений в вашей ПДФке, снова импортировали, то тогда существующий файл перепишется, дополнив новые пометки.
Важно! Поэтому если вы вынесли пометки в Обсидиан затем уже в этой заметке что то сами дописали, а затем еще раз сделали пометки в Zotero и заново экспортировали в Обс, то файл перепишется и ВАШИ добавления исчезнут. Keep that in mind.
Решение: можно поменять название файла с выгруженными заметками и тогда последующая выгрузка создаст просто такой же файл, но обновленный, а затем вы из старого файла перенесете написанное вами в новый.
3. Подготовка Шаблона
Теперь, перед тем как продолжить, разберемся с шаблоном по которому будут выгружаться ваши заметки.
Файл загрузить сюда видимо нельзя поэтому приложу содержимое шаблона внизу под спойлером.
Создаем заметку в папке с шаблонами в вашем хранилище и вставляем туда следующее:
Вставить вот это
---
title: "{{title}}"
year: {{date | format("YYYY")}}
tags: books
authors: {{authors}}{{directors}}
---
author:: {{authors}}
read start:
read end:
tags:: #source/zotero
URL: {{url}}
Zotero Link: {{pdfZoteroLink}}
### The Book in 3 Sentences
### How the Book Changed Me
### Key Concepts & Evergreens
## Highlights
{% for annotation in annotations -%}
{%- if annotation.annotatedText -%}
{{annotation.annotatedText}}”{% if annotation.color %} | **{{annotation.colorCategory}} {{annotation.type | capitalize}}** {% else %} {{annotation.type | capitalize}} {% endif %} | [Page {{annotation.page}}](zotero://open-pdf/library/items/{{annotation.attachment.itemKey}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{%- endif %}
{%- if annotation.imageRelativePath -%}
![[{{annotation.imageRelativePath}}]] [View on page {{annotation.page}}](zotero://open-pdf/library/items/{{annotation.attachment.itemKey}}?page={{annotation.page}}) {%- endif %}
{% if annotation.comment %}
> {{annotation.comment}}
{% endif %}
{% endfor -%}
Как вы поняли, все то, что НЕ формулы(под хедером Highlights) вы можете менять как угодно. Метадата, когда прочитал, ссылки и тд. меняйте как хотите под свои нужды. Я пользуюсь шаблоном форума/Рустама.
Впрочем, кто знает эти кондишиналсы может доработать.
Третье с конца условие > {{annotation.comment}} это то, в каком формате будут отбражаться ваши заметки к выделениям. Эта > делает ВАШИ заметки к выделениям цитатой, то бишь blockquote. Можете убрать ее, на ваше усмотрение. 
Последний рывок.
Теперь когда шаблон готов заходим опять в опции плагина Zotero Integration и в разделе Import Formats делаем следующее:
- Add Import Format
- Даем любое название
- Указываем путь где в хранилище создастся заметка с аннотациями. {{title}} значит какое имя будет у вашей заметки согласно Title’у файла в Zotero. Можно выбрать {{citekey}}, индивидуально.
- Путь где будут сохраняться фото-выделения. Допустим вы выделили в Zotero область. Эта облась(фотка) при импорте в Обс будет сохранена в указанную папку.
UPD: В Image output path в конце {{citekey}} добавьте слеш / , как указано самим обсидианом. - Самое важное, путь к вашему шаблону, который мы уже создали.
Готово. Теперь заходим в Zotero(и держим его открытым или свёрнутым), затем в Обсидиан и пробуем запустить Pop-up окно Zotero через палитру команд в Obsidian.
- Ctrl + P(дефолт), затем вводим Zotero и появляется созданный вами Import Format
- Всплывает окошко Zotero куда вы вбиваете название статьи/книги, предварительно аннотированную
-
Выбираем, подтверждаем.
-
Готово, через секунды 2 в вашей папке появляется заметка.
На момент написания добавил еще пару выделений через Айфон, через несколько секунд они появились в Zotero на ПК. Затем еще раз выгрузил выделения и все без проблем обновилось в той заметке, что создалась до этого. Ссылки кликабельные и перебрасывают тебя к месту выделения КАК на телефоне ТАК и на ПК.
