Alisa Armsid. Работа с научной литературой в Zotero и Obsidian

Меня зовут Алиса, я заканчиваю докторантуру по Landscape Ecology в Эстонии (вся работа на английском языке) и планирую продолжать исследования в постдоке. Расскажу как работаю с научной литературой используя Zotero и Obsidian, может быть это будет кому-нибудь еще полезно.
Важно понимать, что в принципе вся это система постоянно меняется и адаптируется в зависимости от целей и потребностей в данный момент. Этот воркфлоу актуален для меня на апрель 2022.

От источников к заметкам

1. Собираю статьи

Мои источники - научные статьи. Но в Zotero можно хранить и другие типы документов. На данный момент самый удобный для меня способ сохранения это расширение для Хрома Zotero Connector (есть также для Safari, Edge, Firefox).
  • Нахожу интересные статьи либо через Google Scholar, либо из других статей.
  • Сохраняю статьи с сайтов научных журналов сразу в свою базу при помощи Zotero Connector (можно и из поисковика, но есть шанс, что информация сохранится криво).
    Upd с июля 2022: сохраняю статьи сначала в коллекцию Zotero “inbox”. Вставляю в pdf комментарий с описанием, почему мне показалась статья интересной или полезной. Переношу в основную коллекцию только росле следующих шагов:
  • В Zotero сразу ставлю теги, описывающие темы, из-за которых сохранила статью.
  • Так же использую теги в виде смайлов, обозначающие статус работы со статьей (описаны ниже)
  • Статьи, которые хочется читать подробно отправляю на планшет (аддон для Zotero ZotFile)

Есть еще интересный поисковик статей Research Rabbit, в который можно интегрировать свою базу, но он у меня пока только в планах.

2. Читаю статьи

Мне удобнее всего читать статьи с планшета. Я использую Acrobat Reader, но в принципе подойдет любое приложение, которое открывает pdf из синхронизирующейся папки (у меня google drive) и позволяет делать выделения и добавлять к ним комментарии.
  • Как правило у меня на планшете сразу несколько статей. Работаю с ними либо целенаправленно, либо если просто выдалась свободная минутка
  • Выделяю сразу абзацами то, что показалось интересно / полезно / подтверждает то, что я знаю / опровергает то, что я знаю. Это могут быть теоретические знания, а может быть какой-то метод, подход, параметр измерения.
  • Обязательно к каждому выделению пишу предельно краткий комментарий, почему я выделила этот фрагмент. На момент выделения может казаться, что это очевидно, но позже, без контекста, может быть сложнее понять. Плюс экономия времени при дальнейшем разборе.
  • Когда заканчиваю статью, возвращаюсь в Zotero и при помощи того же ZotFile аддона возвращаю статью обратно. Zotero 6 распознает выделения и делает из них заметки.

Все то же самое можно делать и в самом Zotero, не перекидывая на планшет. Принцип будет тот же. Почему-то именно pdf научных статей мне сложнее читать с экрана компьютера, чем с планшета.

3. Осмысливаю информацию из статьи

Моя база знаний хранится в Обсидиане. Соответственно то, что я нашла в статье, должно встроится в базу знаний и при этом не потерять исходного автора (что крайне важно для научных статей).
  • Для начала сохраняю заметки из Zotero в виде markdown-файла в папку Обсидиана (раньше для этого нужен был отдельный аддон, в Zotero 6 эта опция встроена)
  • Вторая важная составляющая - цитирование статей в Обсидиане. Для этого использую аддон Better BibTex в Zotero + Citation плагин в Обсидиан. Как это работает:
    • Better BibTex генерирует и постоянно обновляет полный список данных статей в моей базе Zotero в виде отдельного файла. Положение этого файла я указываю в настройках Citation Plugin Обсидиана.
    • Горячими клавишами в Обсидиане вызываю Citation Plugin, открывается окно поиска по базе статей.
    • После нахождения нужной статьи, плагин создает страницу для этой статьи по заданному шаблону с названием генерированным из citekey (это все можно переделать под себя в настройках Citation Plugin).
    • Вид citekey задается в настройках Better BibTex, из коробки он не очень человекочитабельный, я заменила на [auth][year]. В результате в тексте заметки Обсидиана будет ссылка вида @Surname0000.
    • Содержимое страницы статьи создается по шаблону, который можно модифицировать в настройках Citation Plugin. Из отдельно приятного - автоматическая ссылка “Show in Zotero”, при клике на которую статья в Zotero выделяется в списке.
  • Итого у меня получается три разных типа заметок в Обсидиане, распределенные по разным папкам:
    • заметки с копиями выделений и моих комментарий к ним из статей (папка Annotations)
    • заметки с данными статей для ссылки на них, созданные при помощи Citation Plugin (папка References).
    • заметки с информацией по интересующим меня темам (папка Zettel)
  • Обязательно в заметке с выделениями ставлю ссылку на заметку по статье. В принципе, ничего не мешает перенести выделения из статьи в заметку с данными статьи, но мне удобнее их разделять по разным папкам (References и Annotations). Зачастую мне надо просто проставить ссылку на статью, без ее подробного разбора. Поэтому в папке References у меня несравнимо больше файлов, чем в Annotations. Разделения на папки удобны еще потому что основная работа ведется в папке Zettel, и ее же смотрю на графе.

Это была техническая часть, теперь самое интересное. Прохожу по копированному тексту статьи (из папки Annotations).

  • Для каждого выделения себя спрашиваю, а это правда стоило того, чтобы сохранять? Если скорее нет, то просто иду к следующем выделению. Ничего не удаляю, то, что не актуально сейчас, может оказаться полезно потом.
  • Если информация все еще нужная/интересная, то проверяю есть ли у меня уже записи по этой теме в папке Zettel.
    • Если есть, то встраиваю информацию либо в существующую записку, либо делаю новую, на нее ссылаюсь из основной. В любом случае приходится перефразировать, но сильно над этим не думаю. Моя цель - точно передать мысль. Обязательно ставлю ссылку на статью (записка из папки References). Как правило, это либо новая информация по существующей теме, либо подтверждающая то, что у меня уже написано, либо опровергающая.
    • Если это совсем новая тема, которая интересная, но у меня по ней еще ничего нет, то просто создаю новую записку. Всегда стараюсь как-то привязать к другим запискам, но это может получиться не сразу.
  • Если автор статьи тоже на кого-то ссылается, ссылки тоже обязательно копирую. Чтобы не путаться, кто на кого ссылается, пришла к следующему формату: According to @Surname0000, blah-blah-blah (Reference 1, Reference 2). Если есть возможность и желание, лезу смотреть работы на которые ссылается источник, тогда тему можно раскрыть еще полнее. Если на данный момент это не так важно, то просто оставляю ссылку. Зная исходную работу (на нее ссылается в Zotero заметка с данными статьи), я всегда могу найти работу, на которую ссылаются авторы.
  • Если я сразу знаю, что новый кусок информации будет полезен для какой-то моей будущей статьи, ставлю на нее ссылку (у меня есть по заметке на каждую такую несуществующую еще статью).

Концепты, на которые наткнулась в процессе работы

  1. Нелинейность - оказалось, что мне удобнее работать одновременно с несколькими статьями. Поэтому в параллели у меня на планшете несколько статей для чтения, а в Обсидиане несколько недоразобранных выделений (поэтому удобно их держать в отдельной папке Annotations). Поэтому же удобно отмечать в Zotero статус статьи:

    • :eye: - Просмотрена (пролистала, но особо не разбирала)
    • :computer: - На планшете (читаю в данный момент)
    • :pencil2: - Редактируется (перенесла заметки в Обсидиан, но еще не все разобрала)
    • :white_check_mark: - Завершена (все заметки разобраны)
  2. Отсутствие понятия “законченная заметка” - ни одна заметка никогда не считается полностью завершенной, так как научные исследования продолжаются, новые данные приходят постоянно.

  3. Заметка типа “seed” - практически пустая заметка. Такие возникают, когда

    • есть необходимость найти больше информации по какой-то теме, но на данный момент нет времени/желания. Пишу название и тег seed, иногда вкратце пишу что знаю, что надо найти или проверить.
    • натыкаюсь на новую интересную информацию по новой теме, или какому-то методу, параметру и т.д., но в настоящий момент важнее сконцентрироваться на другой теме. Делаю записку с названием новой темы, ставлю тег “seed” и ссылку на статью (citation plugin), где про это почитать.
  • При помощи плагинов Обсидиана Supercharged links и Style settings помечаю такие записки емодзи :seedling: , чтобы сразу видеть, где нужно больше работы.

Дополнения, интересные находки, идеи на будущее

  • Плагин для связи заметок в Обсидиане со статьями в Зотеро: Zotero Obsidian Citations. Полет нормальный.
    • Автоматически находит все заметки и связывает их элементами базы (у меня через citekey, но можно по Zotero ID или кастомный фильтр).
    • Ставит заданный тег, можно сделать цветным или эмодзи, выводится в списке статей
    • Есть возможность открыть привязанную записку из меню элемента в базе Зотеро
    • Пока связываю то, что перетаскиваю при помощи Citation plugin (папка References), не уверена что делать с перенесенными выделениями (папка Annotations). Думаю над слиянием.

Почитать еще:

23 симпатии

Офигенный фреймворк. Когда писал свой диссер, мне подобного гайда очень не хватало:)

За то теперь тем, кто пишет или будет писать, есть откуда почерпнуть вдохновение :slight_smile:

1 симпатия

Если сочтёте уместным, опишите подробнее разницу лично для вас в работе с PDF с монитора и с планшета. Какая диагональ/разрешение у планшета?

"Некое пояснение "за интерес" =)

…покупка планшета – это значительный минус из семейного бюджета, и если это окажется бесполезной тратой, то будет категорически обидно =) Хочется понять чужой опыт, возможно удастся понять в чем сакральная разница.

Сейчас у меня Xiaomi pad 5, диагональ 11 дюймов. Из минусов - бликующий экран и не входящий в комплект дорогущий но при этом чуть тормозящий родной стилус. Писать возможно, но проигрывает айпаду и самсунгу (который правда в 2 раза дороже). Во всем остальном планшет прекрасен.

Точный ответ на вопрос “почему удобнее” я сама не знаю, есть несколько гипотез:

  • размер экрана и ощущение в руках похоже на книгу. Есть ощущение физических границ.
  • возможность носить с собой и открыть в любой момент в любом месте
  • в принципе возможность читать в любой позе :smiley:
  • высокое разрешение и частота экрана. Глаза вообще не устают, все очень хорошо читается, даже если мелко.
  • на моем планшете принципиально нет мессенджеров и приложений соц.сетей. Не отвлечешься.

Мне не кажется планшет прямо крайне необходимым, но разницу сильно чувствую между чтением с экрана ноутбука (и тем более с большого монитора десктопа) и с планшета: дольше держу концентрацию, меньше устаю.

2 симпатии

Очень круто. Research Rabbit рекомендую, это прямо wow: много чего найдет и в Zotero удобно сохранит.

Спасибо, что поделились, было крайне интересно читать. Возникло несколько вопросов:

  1. Плагин Citation используется исключительно в качестве посредника м/у Zotero и Obsidian? Или же все цитирования, проставленные с его помощью, позже во что-то преобразуются (может быть, при экспорте ч/з Pandoc или что-то типа того)? И если исключительно для связи, то позже используете какую-либо автоматизацию для замены этих цитат при создании конечного текста?
  2. И, собственно, где этот текст создаёте? Word, LaTeX? Собираете ли предварительно в Obsidian всё целиком, что бы экспортировать разом, или вручную переносите?

Проблема с зайцем только в том что наши архивы, киберленина и илабрари не учитываются. :frowning:

Спасибо за хорошие вопросы. Я думала над тем, чтобы писать в Обсидиане и сами тексты статей, но мне это не так удобно:

Техническая сторона вопроса:

  • статью пишет первый автор, но в ней всегда много соавторов, так как исследования в моей области всегда комплексные, в измерениях задействовано много людей + владельцы грантов и главы станций
  • соответственно нужно использовать среду, позволяющую коллективную работу над документами
  • часть людей уже в возрасте, поэтому остается только ворд (у него есть версия с возможностью коллективной работы). И это еще не так плохо, многие рассылают версии вордовских документов, в который можно очень легко потеряться :smiley:
  • у Zotero для ворда удобный плагин. Ищет чудесно по фамилии и дате, та же информация у меня в citekey, которую использует Citation Plugin для создания ссылок.

Концептуальная сторона:

  • в моей базе знаний информация иногда перефразирована, иногда нет. Как я писала в посте, моя цель не пересказать своими словами, а как можно точнее передать информацию. Опять же специфика точных наук.
  • для статей требуется обязательно перефразировать вообще все, потому что иначе плагиат (прямые цитаты редко используются) или самоплагиат (свои статьи тоже нельзя повторять). Поэтому я держу тексты статей отдельно от базы знаний.
  • И в принципе, мне не сильно нужны именно сами тексты из базы знаний, а информация: какие авторы нашли то же, что и я, какие нашли другое. Как это обосновывается. Что еще можно измерить или рассчитать. Какие есть закономерности и что из этого следует (по мнению этих авторов). Из этого можно составить скелет “results and discussion”, а потом уже (в ворде) расписывать длинными полными предложениями.
3 симпатии

У меня примерно схожий алгоритм. Мне интересно как ты собираешь текст из фрагментов в обисидане.

Допустим у тебя есть чья-то мысль, которая как тебе кажется может быть полезной, что дальше ты с ней делаешь? Как перерабатываешь в линейный текст.

Потому что у меня сейчас материал и исследование выглядит как аутлайнер, мне просто так удобнее видеть. Например вот так как ниже.
Как ты дальше разворачиваешь в линейный текст?

Пример

Thoughts on the topic of digital garden on the Internet

  • The emerging trend began in 2020.
    • Digital gardening is a new approach to the way we publish personal knowledge on the web.
  • Blogs present polished articles
  • Gardens are constantly under construction.
    • Demonstrate evolving ideas, not organized by publication date.

Where digital garden word came from? Semantics demonstrate how words are born and how they shape the reality.

  • First mentions could be found on the web at the same time, 2020. Sber and English-speaking communities began using this to describe an environment.

  • Early adopters of the Internet, the creators of the content, wished for user to pick their own path. Exploration, providing enough signposts didn’t let you feel lost in the new medium.

    • The debate that was spurred from this approach had been, should we provide pre-defined browsing experience?
      • It has been and always be a struggle between the right balance of chaos and order.
  • Digital gardening is a balance between exploratory experience and healthy resistance to top-down structures. Where everything is controlled. [Mark Bernsteins’s essay Hypertest gardens]

Unplanned hypertext of the past internet had been fun to explore, it was difficult but interesting. Also, quite uninviting, people were reluctant to dive deeper into the bushes and scratch their minds in search of value.

Social media is an echo chamber on steroids.

3 симпатии

Да, в Обсидиане тоже аутлайны в основном.

Копипаста из карточки про clear-cutting в качестве примера

Clear-cutting is a type of [[harvesting]]

According [[@Radler2010]] to in comparison with a forest, a clear-cut has:

  • Higher heterogeneity of solar radiation distribution at a clear-cut area
  • Higher soil and air temperature

According to [[@Vestin2020]] and [[@Grant2010]], the removal of trees through clear-cutting results in:

  • Direct export of C as harvested wood products
  • Reduced [[photosynthesis]]
  • reduced [[autotrophic respiration]] and
  • increased [[Heterotrophic respiration|heterotrophic respiration]] driven by decomposition of detritus, because:
    • high amount of litter and woody debris after harvesting
    • higher temperature [[@Radler2010]]
  • slow recovery of net primary productivity ([[Net primary production|NPP]]) caused by small leaf areas and root lengths of plants regrowing from seeds or rootstocks under limited nutrient availability.

According to [[@Noormets2015]], increase in [[RE|ecosystem respiration]] after harvesting results from:

  • soil disturbance (Diochon and Kellman, 2008; Diochon et al., 2009; Diochon and Kellman, 2009)
  • large amount of dead biomass (Harmon et al., 1986)
  • change in stoichiometry of carbon pools (Harmon et al., 2011)
  • changes in the C:N stoichiometry of the detritus
  • changes in the microclimate (Chen et al., 1993; Noormets et al., 2007)

Post-harvest stand is expected to be a net source of carbon for several years after disturbance (Kolari et al., 2004; Amiro et al., 2006; Humphreys et al., 2006; Zha et al., 2009; Grant et al., 2010; Goulden et al., 2011; Noormets et al., 2012).

Мне обычно не нужно собирать в единый текст прямо все, только какие-то части, которые тот или иной феномен объясняют.
Например:
Soil disturbance leads to increase of ecosystem respiration (refs).

Ооо, спасибо! Zotero desktop connector выглядит интересно, надо будет попробовать, там можно цвет выделений из pdf передавать в заметку :heart_eyes:

А [[photosynthesis]] ведет к отдельной заметке или это маркер?
[@radler2010]] это ссылка на автора?

Все ссылки ведут либо на существующие заметки, либо на потенциальные. Ссылки с @ генерированы Citation плагином, ведут к заметке статьи. В данном случае Radler - первый автор и год (2010). Если ссылки на статьи просто текстом, значит на них ссылается другой автор и я их не читала. При более глубоком изучении смогу из достать и просмотреть.
Вообще заметила, что очень хорошо способствует изучению темы “вглубь”, когда начинаешь читать, а что конкретно сказали все те авторы, на которых ссылается исходный автор.

1 симпатия

У меня такая же история.

Собираю все материалы, а потом смотрю на кого ссылаются чаще всего. Соответственно этого автора читаю впервую очередь.

Говорят rabbit research в этом сильно помогает. Но к сожалению не веду традиционных научных исследований сейчас, поэтому не особо то и нужно :slight_smile:

Нашла интересное, еще не пробовала: Zotero Obsidian Citations – плагин для Zotero, который позволяет привязывать markdown заметки к статьям в базе

1 симпатия

У тебя получилось вставить цитирование, в обсидиан как это мы привыкли делать в ворде или гуглодоках.

Когда вызываем строки, набираем название источника и он подбирает его из базы зотеро? Красненькое выпадающее меню.

По описанию это должен делать Obsidian Zotero Desktop Connector, я его еще не тестировала.
Так как пока не планирую черновики своих статей полным текстом писать в Обсидиане, мне достаточно Citations, он позволяет искать статью в базе Зотеро и вставляет ссылку @citekey - это все, что мне надо, чтобы не потерять автора.

Скриншот интерфейса поиска статьи Citations плагина в Обсидиане

А как ты выбираешь формат цитирования. ГОСТ, например.

База с материалами как-то обновляется? У меня с этим плагином напряженные отношения :frowning:

  • img1: в настройках плагина задаёшь формат (можно несколько добавить);
  • img2: в палитре команд выбираешь нужный;
  • результат: если выбран Formatted Citation, то получим [1], если Formatted Bibliography, то, например, это:
    1. Малахов В. А., Раевский А. С., Раевский С. Б. О решении дисперсионных уравнений волн направляющих электродинамических структур на комплексных плоскостях волновых чисел // Журнал вычислительной математики и математической физики. 2015. № 6 (55). C. 1028–1038.
Спойлер


2 симпатии